Los orígenes se remontan al periodo Nara (710-794), cuando este instrumento fue importado de China a Japón por los monjes budistas. Cuando escuchamos el sonido de esta flauta tipica de Japón, el shakuhachi, rápidamente lo podemos asociar a los estados de calma y concentración que trasmite. Es un instrumento de meditación por excelencia, muy arraigado a la religión. Al principio el shakuhachi se comenzó a usar en el Gagaku (es un tipo de música clásica japonesa que se interpreta en la corte imperial ), literalmente significa música elegante . Pero más tarde, este instrumento pasó a ser adoptado también por los monjes mendigantes de la secta Fuke, que lo utilizaban para llevar a cabo sus meditaciones sonoras conocidas como Suizen. Se cree que estos monjes terminaron de desarrollar el shakuhachi que conocemos hoy.