Para poder apreciar plenamente la proclamación del nombre de Aikido y comprender algunas de las razones que hay detrás de ello, incluyendo los cambios en el pensamiento del Fundador, debemos dirigir nuestra atención a la creación del Santuario Aiki de Iwama , en la Prefectura Ibaraki, al nordeste de Tokyo. Este lugar, venerado por todos los alumnos de Aikido, jugó un relevante papel en el remozado comienzo de después de la Segunda Guerra Mundial. La idea de establecer un centro espiritual para el Aikido la concibió el Fundador alrededor del año 1935. Nació de una necesidad hondamente sentida de continuar la búsqueda de la verdad del universo a través del budó, y deseaba un lugar especial para llevar a cabo este propósito. Había conseguido que el Aikido arraigara con firmeza en Tokio, y su más puro deseo de difundir el verdadero budó por el mundo se estaba cumpliendo. Le satisfacían los éxitos alcanzados, pero al mismo tiempo esto no le parecía suficiente, deplorando, de hecho, la invasión de su vida privada y la falta de tiempo que la fama le había ocasionado. Osensei mostraba una completa indiferencia por las cosas que normalmente son objeto del deseo humano – posición social, honores y aplausos, riqueza y bienestar material -, y su única preocupación era el entrenamiento del espíritu través de la disciplina del budó.
Hacia 1935, haciendo uso de sus pequeños ahorros, empezó a comprar tierra de bosque en los alrededores de Iwama. Llevaba la agricultura en la sangre, como se hizo evidente en su empresa de colonización de Shirataki, en Hokkaido, y planeó cultivar la tierra y renovar la búsqueda de un budó espiritual; pero este deseo suyo de cultivar la tierra no era fácilmente realizable, ya que, como artista marcial reconocido, era constantemente invitado a diversos lugares y su apretado programa no le dejaba tiempo para proseguirlo. 
El intento en tiempos de guerra de agrupar todas las formas de artes marciales en una sola organización presentó una oportunidad única. Los acontecimientos hacían imposible la continuidad de las actividades normales de Aikido y ya no se le requería para supervisar su crecimiento, y cuando el panorama bélico se hizo más oscuro disminuyó el número de alumnos y declinaron las invitaciones para hacer demostraciones de Aikido. Así pues, sintió que éste era sin duda el momento ideal para él de tomar una decisión de cara a su futuro, y la orden de unirse a la Gran Asociación Japonesa Marcíal y Virtuosa fue la gota que colmó el vaso, de tal manera que Osensei proclamó el establecimiento del Aikido y finalmente tomó la decisión de retirarse a lwama, donde podía proseguir su propio camino.
Tenía tres planes encaminados a realizar su ideal de budó verdadero cuando se asentó en lwama. El primero era establecer un Santuario Aiki que simbolizara la Vía de aiki y el espíritu del Aikido. El segundo era construir un dojo al aire libre, impregnado con el ki de la naturaleza, donde se pudiera enseñar el budó ideal de Take-musu. Y el tercero, llevar a cabo su ansiado sueño de unificar la agricultura con el arte marcial. Aspiraba a relacionar el entrenamiento del budó (take) que armoniza con la protectora fuerza vital (muso), con el trabajo de la agricultura, a través del cual la tierra produce el alimento que sustenta la vida.
El Santuario Alki fue concebido para rendir homenaje a los cuarenta y tres dioses que protegen y dan poder creativo al Aikido, y para ser el centro sagrado de todos los practicantes de Aikido que se comprometen en promocionar la Vía para todos los seres. Los cuarenta y tres dioses son las deidades marciales, los reyes dragones y las encarnaciones glorificadas en el saber tradicional popular japonés. El Fundador creía firmemente que su destreza en el budó no provenía de sí mismo, sino de los dioses que lo protegían y que nutrían esta habilidad. Esta era su fe fundamental, pero lo más importante es que esto demuestra su humildad y su autodisciplina; encomendándose a un poder mayor nunca se volvería arrogante por los logros conseguidos. Esta humildad, compendio de su sinceridad y de su devoción por el entrenamiento, es algo que deben tomarse a pecho todos los practicantes del Aikido.
La disposición del Santuario Aiki está basada en los principios del koto-dama. La colocación del santuario interior, la sala de culto, la puerta de entrada, etc, están todas de acuerdo con los tres principios del triángulo, el círculo y el cuadrado. Estos tres signos son símbolos del ejercicio de respiración en el estudio del koto-dama. En palabras del Fundador:
Cuando el triángulo, el círculo y el cuadrado se convierten en uno, hay movimiento en rotación esférica junto con flujo de ki, y aparece el Aikido de sumi-kiri.
El hecho de que el Santuario Aiki, que refleja una elaborada filosofía, pudiera completarse en los difíciles años al final de la Segunda Guerra Mundial, se debió a los esfuerzos de un maestro carpintero llamado Matsumoto, que vivía en lwama, y al incansable apoyo de numerosos practicantes desde el comienzo del Aikldo. La terminación del santuario principal del Santuario Aiki en 1943, fue una ocasión que hizo derramar lágrimas de feilcidad al Fundador. Su sueño de toda la vida se había hecho realidad, y los cimientos del Aikido estaban echados. El Santuario es ahora la meca de todos los auténticos alumnos del arte.
La construcción de un dojo al aire libre, segunda parte del plan del Fundador, tuvo lugar en una esquina de su granja, pero con el incremento del número de alumnos fue necesario construir un pequeño dojo interior de treinta tsubo (90.9 m2) Fue completado en 1945, inmediatamente después de la Segunda Guerra Mundial, y supuso una desviación del objetivo original de combinar la agricultura con el arte marcial, pero trajo inesperados beneficios al Aikido.
Durante los tres años después de la guerra, el Hombu dojo de Wakamatsucho se vio obligado a reducir sus actividades por una serie de razones, entre ellas la prohibición impuesta a todas las artes marciales por las Fuerzas de Ocupación Aliadas. Entonces todas las actividades del dojo central se trasladaron a Iwama, de forma que, gracias a este dojo, el Aikido pudo perdurar en una época en que el clima y la actitud general hacia las artes marciales eran fuertemente negativas. Hoy en día el dojo de Iwama se llama Ibaraki Dojo y está dedicado a la memoria del Fundador.
El Fundador había acariciado desde hacía mucho tiempo el ideal de establecer un centro Aikí, y que esto se hiciera realidad, aún con pequeñas modificaciones, en mitad de los difíciles años de la guerra y en los caóticos años de después de ella, era casi un milagro. Por tanto, debió ser muy gratificante para él haber sido capaz de escapar de la atareada vida de Tokyo para dedicarse totalmente a realizar el ideal del verdadero budó.
La vía de recuperación del Aikido comenzó en febrero de 1948, con la aprobación oficial del Aíkikai como nueva institución. Fue reconocido por primera vez públicamente en los Almacenes Takashimaya, en Tokyo, en septiembre de 1956, y la Primera Demostración Pública de Aikido patrocinada por el Aikikai se celebró en 1960 en la Sala Yamano, en Tokyo. El momento cumbre del restablecimieto de despues de la guerra llegó con la terminación del nuevo Hombu Dojo en enero de 1969.

Viendo la prosperidad que ha alcanzado el Aikido, qué menos que reflexionar sobre las decisiones adoptadas por el Fundador durante los años de la guerra e inmediatamente después. Si el Maestro Ueshiba en vez de retirarse a Iwama hubiera dejado que el Kóbukan Aikí-budó fuera engullido por la fusión de las artes marciales durante la guerra, la historia del Aikído podría haber terminado entonces. Ambos nombres, el del Maestro Ueshiba y el del Aikido, y su breve pero glorioso capítulo en el budó durante los años anteriores a la guerra, podían haber sido relegados a los libros de historia y con el tiempo convertirse sólo en oscuras leyendas en los anales de las artes marciales.
La reputación y el éxito actuales del Aikido se deben a la decisión del Fundador de dedicarse a la búsqueda espiritual de la esencia de las artes marciales en la alejada región de lwama. El Maestro Ueshiba demostró con su propio ejemplo que la prosperidad del Aikido no se mide por el número de seguidores, sino por la profundidad e intensidad de la búsqueda personal de la verdad a través del entrenamiento y de la práctica. A mi entender ésta es la más importante razón de que el Aikido sea hoy lo que es.
El dicho Zen «Reflexionar sobre nuestros pasos» nos advierte que hay que comprobar siempre si nuestros pies están en tierra firme. Como practicantes de Aikldo debemos siempre «Reflexionar sobre nuestros pasos», aunque nos movamos juntos hacia adelante con altos ideales y apasionados por la verdad.